Die Nachhaltigkeitsinitiative wird gelenkt durch einen Beirat. Der Humboldtⁿ - Beirat ist in die Projektleitung und das -management eingebunden. Neben der Sprecherin, der Rektorin der Bergischen Universität Wuppertal, Prof. Wolff, und dem Co-Sprecher Prof. Fischedick, Präsident und wissenschaftlicher Geschäftsführer des Wuppertal Instituts, setzt sich der Beirat aus den Rektor*innen der Universität Bielefeld, Prof. Epple, der Universität Münster, Prof. Wessels, der Universität Siegen, Prof. Reese, der Universität Witten/Herdecke, Prof. Butzlaff, und der FernUniversität in Hagen, Prof. Stürmer, zusammen.

Außerdem ist der Generalsekretär der Akademie der Wissenschaften und der Künste, Dr. Schulz, Mitglieder im Beirat. Dieses Gremium steht in engem Austausch mit dem Gesamtbeirat, dem die Präsident*innen und Rektor*innen der LRK-Mitgliedsuniversitäten angehören. Gemeinsam erarbeiten diese beiden Gremien strategische Zielsetzungen sowie zentrale Aufgaben für die Arbeitsbereiche und stehen dabei im interministeriellen Dialog mit dem Land NRW, um die wissenschaftlichen Ergebnisse zum Thema Nachhaltigkeit in politische Debatten und Diskurse einzubringen.

Die Arbeitsstelle Humboldtⁿ koordiniert die zentralen Arbeitsbereiche und organisiert Veranstaltungen sowie die Öffentlichkeitsarbeit in enger Abstimmung mit dem Beirat.